整理了2023年至2026年中央部门单位常见审计问题，摘录与科研项目管理相关问题后发现，常见的问题包括项目立项问题、科研管理问题、科研经费使用、项目结项问题及会计核算问题等。
项目立项问题包含立项阶段审核不严，导致不符合要求人员任项目负责人。
科研经费管理问题包含项目负责人调整，未做信息变更；项目重要人员调整，未进行报批；科研行为不端，如科研成果重复使用，查重率超限等。
科研经费使用问题包含超范围列支费用，支出与项目无关费用，违规使用现金结算等。
项目结项问题包含未按规定收回结项或终止课题资金，逾期不结题，结题不清理结余资金，结余资金低效使用或未上缴等。
会计核算问题包含结题未结转收入，收支挂在往来款等。
2023年，办本级对个别项目立项审核把关不严，导致1名不符合条件的项目负责人获得社科基金重大项目立项，涉及资助金额80万元。
1.至2023年底，所属B大学已结题的9个科研项目结余资金147.49万元未盘活使用；在2个重点科研项目负责人离职后，未按规定申请变更负责人或终止项目，涉及项目经费121万元。
2.至2023年8月，校本级部分科研成果在不同科研项目（课题）验收中重复使用，涉及金额164.2万元。
3.2022年至2025年，所属A中心对33项自选课题管理不严格，存在使用以前年度科研成果抵顶、课题成果质量不高等问题，涉及金额432万元，其中2025年41万元；2016年至2025年6月，履行出资人监管职责不到位，下属企业违规投资、违规担保，存在国有资产损失风险。
4.至2025年底，委本级未按规定审查处理涉嫌科研不端行为的2018篇被撤稿论文。
5.2021年至2024年，所属W中心4项课题检测重复率超限值仍违规结题，涉及课题经费109万元，其中2024年29万元。
6.局本级未按照公平竞争择优的规定，直接确定44项课题的承担单位，涉及金额350万元；1项课题在成果验收时，用已公开的报告充抵，涉及金额5万元。
7.2021年至2024年8月，所本级6个科研项目（课题）重要人员变更事项未按规定报批，涉及12人次。
8.2024年和2025年，研究院本级基本科研业务费中，用于支持青年科研人员牵头负责科研工作的比例，2年分别为4.02%和4.15%，低于国家规定比例。
1.委本级违规将法律咨询服务费、电信宽带服务费等不直接与国家科学基金项目管理相关的支出，列支在“项目组织实施费”范围，涉及金额386.98万元。
2.2020年至2023年，所属D研究所在科研项目结余资金中超范围列支房租237.27万元，其中2023年7.01万元；2021年验收的1项课题的1项成果取得时间早于课题立项时间。
3.2020年至2021年，所属D大学扩大支出范围，在2个专项经费中列支无关支出82.08万元；在2018年已结题的11个科研项目结余资金中列支无关支出192.46万元。
4.2020年至2022年，院本级在承担的国家重点研发计划等科研项目中，违规列支与科研任务无关的费用15.78万元，其中2022年4.5万元。
5.2021年至2024年8月，所本级科研项目工时填报不实，303人填报的科研项目工时，累计超出项目持续的自然月数1.18万个月。
6.2017年至2025年，委本级监管不力，12家受资助单位违规将项目负责人工资、车辆购置费等不直接与项目实施相关的支出，列支在“直接费用”中，涉及金额1980.14万元，其中2025年4.35万元，审计指出问题后，2家受资助单位已完成调账。
7.2018年至2024年，所属A服务中心下属B集团8个科研项目违规使用现金方式结算差旅费、材料费等费用66.8万元，其中2024年金额6.11万元。
1.至2025年底，办本级未按规定从承担单位收回已终止或撤销的61个社科基金项目应退回资金，涉及金额960.22万元，审计指出问题后，办本级已收回59个项目的应退回资金942.2万元。
2.至2025年底，院本级112项课题逾期未结项，涉及课题费888万元。
3.至2024年底，所属A研究院下属B研究所未清理已结题课题结余资金，涉及金额400.03万元。
4.至2024年8月底，所本级119个科研项目（课题）未按期结题且未申请延期，涉及金额5176.45万元。
5.至2024年8月底，所本级科研项目结余资金394.19万元未有效盘活，其中79.25万元闲置1年以上。
6.至2023年8月，所属Z大学项目结余资金49.6万元未上交财政，已结题的11个科研项目结余资金382.16万元未盘活使用，未及时催收517名非困难家庭学生学费486.06万元。
7.至2023年底，校本级已结题的19个科研项目结余资金84.54万元未盘活使用。
8.至2023年8月，校本级部分科研项目逾期未结项，涉及资金2732.58万元；1167.16万元科研经费闲置1年以上。
